Bogdanovskaya rời Saint Petersburg và kết hôn với Tướng Jacob Kozmich Popov vào năm 1895. Ông lớn tuổi hơn cô và là giám đốc của một nhà máy thép quân đội, và bà yêu cầu ông xây dựng một phòng thí nghiệm nơi bà có thể tiếp tục nghiên cứu hóa học.[5] Họ sống ở Izhevskii Zavod, một thị trấn dưới sự kiểm soát của quân đội chuyên sản xuất vũ khí.[1] Có ý kiến cho rằng cuộc hôn nhân của cô có thể là một trong những điều thuận tiện, vì người ta biết rằng phụ nữ Nga đôi khi kết hôn chỉ để thoát khỏi những quy ước của xã hội.[2]